Em 1960, a Nigéria tornou-se independente do Reino Unido. De forma semelhante aos outros novos estados africanos, as fronteiras do país não tinham sido desenhadas de acordo com territórios antigos. Daí surgiu que a região norte desértica do país contivesse estados muçulmanos feudais semi-autónomos, enquanto que a população do sul era predominantemente cristã e animista. O seu precioso petróleo, principal fonte de receitas, localizava-se no sul do país.
Após a independência, a Nigéria estava dividida por linhas étnicas, com os haussas e os fulanis no norte, os iorubas no sudoeste e os ibos no sudeste. Em resposta a motins ocorridos no ano anterior, de onde tinham resultado 30.000 ibos mortos e aproximadamente um milhão de ibos refugiados, em Janeiro de 1966, um grupo maioritariamente constituído por ibos, levou uma revolta militar com o objetivo de se separar da Nigéria.
Em Julho de 1966, oficiais do norte e unidades do exército preparam um golpe de estado. Oficiais muçulmanos nomeiam um cristão proveniente de um pequeno grupo étnico (os angas) no centro da Nigéria, o tenente-coronel Yakubu "Jack" Gowon, como cabeça do Governo Militar Federal (FMG). A violência contínua impediu o regresso do poder aos cidadãos; entre 8 a 10 milhares de ibos foram mortos no norte e nortenhos foram mortos nas cidades do leste.
Em Janeiro de 1967, os líderes militares e os polícias oficiais séniores de cada região encontraram-se em Aburi, no Gana e concordaram com uma confederação ampla de regiões. Os nórdicos não simpatizaram com o acordo de Aburi; Obafemi Awolowo, o líder da região oeste ameaçou que se a região leste se tornasse independente, a região oeste seguiria o exemplo. Tal ameaça persuadiu os líderes nórdicos.
O governo do leste rejeitou o plano para a reconciliação. A 26 de Maio votou para se tornar independente da Nigéria. A 30 de Maio, Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu, o governador militar da região, declarou a República do Biafra, referindo os habitantes do leste mortos durante a violência pós-golpe de estado. A enorme quantidade de petróleo na região desencadeou o conflito, dado o petróleo ser um elemento importante na economia nigeriana.